Los dos archivos son básicamente el mismo producto.
La MSI se utiliza normalmente para las empresas que quieren sacar el producto de forma silenciosa o re-paquete que de alguna otra manera.
El .exe es el mismo .msi pero también contiene los controles de pre-requisitos. (por ejemplo, El .exe comprobará la presencia de Microsoft .NET Framework 3.5 SP1.)
Las notas de la versión y actuales Instale las guías se pueden ver
Aqui.
